无菌室应根据既经济又科学的原则来设置，其基本要求有以下几点：

　　(1)无菌室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。房间容积不宜过大，以便于空气灭菌。内间面积2×2.5=5m2，外间面积1×2=2m2，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。

　　(2)内间应当设拉门，以减少空气的波动，门应设在离工作台最远的位置上;外间的门最好也用拉门，要设在距内间最远的位置上。

　　(3)在分隔内间与外间的墙壁或“隔扇”上，应开一个小窗，作接种过程中必要的内外传递物品的通道，以减少人员进出内间的次数，降低污染程度。小窗宽60cm、高40cm、厚30cm，内外都挂对拉的窗扇。

　　(4)无菌室容积小而严密，使用一段时间后，室内温度很高，故应设置通气窗。通气窗应设在内室进门处的顶棚上(即离工作台最远的位置)，最好为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式窗扇。通气窗可在内室使用后、灭菌前开启，以流通空气。有条件可安装恒温恒湿机。

　　无菌室内设备和用具

　　(1)无菌室内的工作台，不论是什么材质、用途的，都要求表面光滑和台面水平。

　　(2)在内室和外室各安装一个紫外灯(多为30W)。内室的紫外线灯应安装在经常工作的座位正上方，离地面2m，外室的紫外线灯可安装在外室中央。

　　(3)外室应有专用的工作服、鞋、帽、口罩、盛有来苏儿水的瓷盆和毛巾、手持喷雾器和5%石炭酸溶液等。

　　(4)内室应有酒精灯、常用接种工具、不锈钢制的刀、剪、镊子、70%的酒精棉球、工业酒精、载玻璃片、特种蜡笔、记录本、铅笔、标签纸、胶水、废物筐等

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　　微生物实验室组成一般包括：准备室、微生物培养室、器械消毒及清洗室、纯水室、检测室、菌种室、储藏室等。微生物实验根据工作领域(食品、药品、医疗等)和性质(教学、生产、研究、检测等)的不同，实验室组成和规模有很大差别。